Prokeš začal s asociací spolupracovat v roce 2014, kdy byl zařazen do rady pro koncepci výchovy mládeže. O rok později byl bývalý funkcionář Dukly zvolen do výkonného výboru FAČR a posléze převzal záštitu nad projektem mládežnických akademií a stal se technicko-sportovním ředitelem.
Nedávno však ve funkci skončil a odstartoval vlnu odchodů z FAČR. Vzápětí se na ukončení spolupráce s vedením asociace dohodl generální sekretář Rudolf Řepka a výkonný výbor poté z komise rozhodčích odvolal Romana Hrubeše, který byl šéfem projektu videorozhodčích.
Šedesátiletý Kotrba má za sebou trenérské působení ve Spartě, se kterou získal titul a dovedl ji do osmifinále Ligy mistrů. V evropských pohárech vedl také Příbram a Jablonec. Se severočeským celkem a Žižkovem vyhrál domácí pohár. Jako hráč, trenér i funkcionář také působil v Českých Budějovicích.
